Работодатель направляет в командировку в город Москва, где выявлен коронавирус. Могу ли я отказаться от командировки?

Да, можете, но при условии, что выполнение Вами обязанностей в г. Москве будет непосредственно угрожать Вашей жизни и здоровью.

Правовое обоснование

Согласно ч. 1 ст. 379 ТК РФ в целях самозащиты трудовых прав работник, известив работодателя или своего непосредственного руководителя либо иного представителя работодателя в письменной форме, может отказаться от выполнения работы, не предусмотренной трудовым договором, а также отказаться от выполнения работы, которая непосредственно угрожает его жизни и здоровью, за исключением случаев, предусмотренных ТК РФ и иными федеральными законами. На время отказа от указанной работы за работником сохраняются все права, предусмотренные трудовым законодательством и иными актами, содержащими нормы трудового права.