Вправе ли в этом случае работодатель переквалифицировать отношения по совместительству в отношения по основному месту работы?

Нет, работодатель, у которого работник трудился по основному месту работы и остался работать только в качестве совместителя не вправе переквалифицировать отношения и считать их отношениями по основному месту работы. Указанные условия могут быть изменены только по соглашению сторон.

Правовое обоснование

В соответствии со ст. 282 ТК РФ в трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством.

Согласно ст. 72 ТК РФ изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.

Следовательно, до внесения соответствующих изменений в трудовой договор работник продолжает работать в качестве совместителя.