Обязан ли работодатель вести раздельный учет дневных и ночных часов таких работников?

Да, обязан. Обязанность производить доплату за работу в ночные часы не зависит ни от системы оплаты труда, ни от вида учета рабочего времени.

Правовое обоснование

Статья 96 ТК РФ устанавливает, что ночное время - время с 22 часов до 6 часов.

В силу положений ст. 154 ТК РФ каждый час работы в ночное время оплачивается в повышенном размере по сравнению с работой в нормальных условиях, но не ниже размеров, установленных трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. Минимальные размеры повышения оплаты труда за работу в ночное время устанавливаются Правительством Российской Федерации с учетом мнения Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. Конкретные размеры повышения оплаты труда за работу в ночное время устанавливаются коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения представительного органа работников, трудовым договором.

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 04.04.2025 № 436 «О минимальном размере повышения оплаты труда за работу в ночное время» минимальный размер повышения оплаты труда за работу в ночное время (с 22 часов до 6 часов) составляет 20 процентов часовой тарифной ставки (оклада (должностного оклада), рассчитанного за час работы) за каждый час работы в ночное время.